ImageMagickは簡単な画像処理を行うライブラリというかコマンドの集合体です．今回はよく使うコマンドを残しておきます．
内側に枠線を入れる
下の場合は10ptの枠をつけています．
convert src.png -shave 10x10 -bordercolor "#3c81fa" -border 10 bordered.png
画像を重ねる
composite -gravity center -compose over upper.png lower.png overlayed.png
マスク画像で切り抜く
マスク画像の透明度を反映させます．Unity の cutout レンダリング用のテクスチャが作れます．
convert albedo.png mask.png -compose CopyOpacity -composite cutout.png
色の置き換え
ここでは特定の色(#ffffff)を透明(none)に置き換えます．fuzz の値は適宜調整してください．グリーンバックで背景の除去などに使えます．
convert source.png -channel RGBA -fuzz 50% -fill none -opaque "#ffffff" -alpha on dest.png
色を反転
ちなみに Alpha値(透明度)も反転するため(0->1, 1->0)，注意してください．
convert -negate source.png dest.png
Alpha値 を変換しないときは次のようにします．
convert -negate -channel K source.png neg.png
グレースケール
convert color.png -colorspace gray gray.png
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